Существуют как относительные противопоказания МРТ-диагностики, при которых проведение исследования возможно при определённых условиях, так и абсолютные, при которых исследование недопустимо.

Абсолютные противопоказания:

• установленный кардиостимулятор (изменения магнитного поля могут имитировать сердечный ритм).
• ферромагнитные или электронные имплантаты среднего уха.
• большие металлические имплантаты, ферромагнитные осколки.
• ферромагнитные аппараты Илизарова.

Относительные противопоказания:

• инсулиновые насосы
• нервные стимуляторы
• неферромагнитные имплантаты внутреннего уха,
• протезы клапанов сердца (в высоких полях, при подозрении на дисфункцию)
• кровоостанавливающие клипсы (кроме сосудов мозга),
• декомпенсированная сердечная недостаточность,
• первый триместр беременности (на данный момент собрано недостаточное количество доказательств отсутствия тератогенного эффекта магнитного поля, однако метод предпочтительнее рентгенографии и компьютерной томографии)
• клаустрофобия (панические приступы во время нахождения в тоннеле аппарата могут не позволить провести исследование)
• необходимость в физиологическом мониторинге
• тяжёлое/крайне тяжелое состояние пациента по основному/сопутствующему заболеванию.

Также МРТ противопоказана (или время обследования должно быть значительно сокращено) при наличии татуировок, выполненных с помощью красителей с содержанием металлических соединений. Широко используемый в протезировании титан не является ферромагнетиком и практически безопасен при МРТ; исключение — наличие татуировок, выполненных с помощью красителей на основе соединений титана (например, на основе диоксида титана). Дополнительным противопоказанием для МРТ является наличие кохлеарных имплантатов — протезов внутреннего уха.